Computational Epigenomics

Theme picture
EpiAnnotator workflow
Besuchen Sie den öffentlichen EpiAnnotator-Webserver

Was ist EpiAnnotator?

EpiAnnotator ist ein kostenloser Webservice, der vom Computational Epigenomics-Team am DKFZ in Heidelberg entwickelt wurde und es Forschern auf der ganzen Welt ermöglicht, relevante biologische Erkenntnisse aus ihren eigenen (epi)genomischen Daten zu entschlüsseln.

Eine Anreicherungsanalyse ist auf 2 BED-Dateien basiert, die Ihrer ausgewählten (selected) und Hintergrund-Genomregionen (background) beinhalten. EpiAnnotator berechnet die Überschneidungen zwischen genomischen Regionen aus Ihren Dateien und denjenigen aus der ausgewählten Annotationen. Die Ergebnisse werden normalerweise in wenigen Sekunden präsentiert. Schließlich können Sie eine Tabelle mit allen Ergebnissen und eleganten Übersichtsdiagrammen exportieren, bereit für Ihreen Laborvortrag oder Ihre Veröffentlichung.

Warum haben wir EpiAnnotator entwickelt?

Mit EpiAnnotator wollten wir den Zugriff auf die neuesten Versionen von Tausenden von Annotationen aus nützlichen Repositories (ENCODE, the UCSC Genome Browser, the International Human Epigenome Consortium, ...) sicherstellen, und zwar für alle WissenschaftlerInnen aus dem Gebiet der Genomik. Die Verwendung von EpiAnnotator erfordert weder tiefe Programmierkenntnisse noch spezielle IT-Infrastruktur. Alles, was Sie brauchen, ist ein Computer, Ihre Daten und eine Internetverbindung.

Wie funktioniert EpiAnnotator?

EpiAnnotator wendet den exakten Test nach Fisher an, um herausfinden, ob es eine Anreicherung oder eine Erschöpfung für Ihre genomischen Regionen auf den ausgewählten Annotationen gibt. Es berechnet auch die Faltenänderung und den p-Wert, der den Überlappungen zugeordnet ist, um Signifikanzniveaus zu bestimmen.

Welche Genome unterstützt EpiAnnotator?

Derzeit unterstützt EpiAnnotator die Anreicherungsanalyse fürs menschliche und das Maus-Genom.

Verbindung

Schicken Sie uns eine E-Mail an unsere E-Mail-Adresse.
Folgen Sie uns auf Twitter: @EpiAnnotator