Computational Epigenomics

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Aktuelle Mitglieder

Yassen Assenov

Dr. Yassen Assenov

Gruppenleiter (Google Scholar)

Yassens Hauptinteresse ist das diagnostische Potenzial der Methylierung und andere epigenomischen Daten. Er mag auch heterogenen Repositories zu integrieren und mit Datenvisualisierungstechniken zu experimentieren.

Reka Toth

Dr. Reka Toth

Post-doc (Google Scholar)

Reka identifiziert Biomarker relevant für die Diagnostik und Prognose von Tumorsubtypen, insbesonders beim Gallengangskarzinom und Prostatakrebs. Sie wertet und optimiert Pipelines für die Verarbeitung von großen genomischen und epigenomischen Daten.

Pavlo Lutsik

Dr. Pavlo Lutsik

Post-doc (Google Scholar)

Pavlo entwickelt Optimierungstechniken, um hartnäckige Probleme wie Tumor-Inhalt und zelluläre Heterogenität zu lösen. Seine Arbeit baut auf die neuesten Entwicklungen in Cloud Computing und verteilte Plattformen.

Yoann Pageaud

Yoann Pageaud

Wissenschaftler

Yoann untersucht die Variabilität und das prognostische Potential der Methylierung in Repeat-Elementen. Er bringt auch eine Vielzahl von genomischen Annotationen zusammen.

Anand Thippeswamy

Anand Mayakonda Thippeswamy

Doktorand

Anand untersucht altersbedingte Veränderungen des DNA-Methyloms und ihre Beziehung zur akuten myeloischen Leukämie. Er integriert auch gerne Mutationsprofile mit epigenetischen Daten.

Kersten Breuer

Kersten Breuer

Praktikant

Kersten vergleicht die Daten, die mit klassischen ChIP-seq- und ChIPmentation-Protokollen gewonnen wurden. Dadurch optimiert und erweitert er Pipelines in einer Clusterumgebung.

Ralitsa Langova

Ralitsa Langova

Praktikantin

Ralitsa untersucht die Rolle der Methylierung in der alternativen Transkription und nutzt die Ergebnisse, um Kreb-spezifisch deregulierte Gene zu identifizieren.

Ehemalige Mitglieder

Olga Bogatyrova

Dr. Olga Bogatyrova

derzeit bei Merck

Als Post-doc untersuchte Olga die Relevanz von Mutationen in epigenetischen Enzyme auf der globalen epigenetischen Landschaft in verschiedenen Krebseinheiten. Sie studierte auch die Mechanismen der Deregulierung von lncRNAs im früh einsetzenden Prostatakrebs.

Mirazul Islam

Mirazul Islam

derzeit bei Broad Institute (LinkedIn)

Mirazul war Sommerpraktikant im Jahre 2015. Er untersucht die Wechselwirkungen zwischen genetischen und epigenetischen Anomalien bei der akuten myeloischen Leukämie.

Olena Maiakovska

Olena Maiakovska

derzeit bei DKFZ

Olena war Sommerpraktikant im Jahre 2016. Sie führte Power-Analyse in epigenetischen Datensätze, sowie Anreicherungsanalyse von Annotationsüberlappungen durch.

Julia Botta

Julia Botta

derzeit Master-Studentin an der Universit├Ąt Heidelberg

Julia war Praktikantin im Jahre 2017. Sie hat die Methylierungsvariabilität an vordefinierten genomischen Regionen über große Kohorten effizient zusammengefasst.